Aken liegt am Südufer der Elbe ca. 8km westlich von Dessau-Roßlau in einem ausgedehnten Tieflandsgebiet innerhalb des Biosphärenreservates Mittelelbe.
Etwa 15 km westlich von Aken mündet die Saale in die in diesem Abschnitt nur wenig Gefälle aufweisende Elbe. Östlich der Hafeneinfahrt ändert sich der Flussverlauf (West-Ost-Richtung) in Richtung Nordwesten.